Det hele begyndte i 1929.
På en bondegård i Seest ved Kolding samledes en gruppe unge kristne til sommerstævne hvert år. Stævnerne voksede i takt med deltagelsen, og kun fem år senere var der op mod 1000 deltagere. I 1939 blev den første 6-ugers bibelskole startet i bondegårdens stuehus med 27 elever. Kurset omfattede bibelfortolkning, engelsk samt sang og musik.
Med det stigende antal deltagere til sommerstævnerne og den vedvarende kursusaktivitet, blev en gruppe ledere under Sigfred Becks ledelse inspireret til at bygge en bibelskole, der skulle få indflydelse over hele Europa. I 1941, midt i krigsårene, blev visionen præsenteret med mottoet: ”Byg troens tempel ved troens eksempel.” Samme år blev den nuværende grund på 33.000 m², med sø og park, doneret til projektet af gårdejerparret Beate og Hans Beck.
Der blev startet en større indsamling til byggeriet, og mellem 1941 og 1953 blev der samlet 900.000 kr. I 1949 blev skolen officielt anerkendt som en folkehøjskole, og i 1951 modtog man de første udenlandske elever fra bl.a. Schweiz, Norge og Tyskland.
I sommeren 1957 blev den nye bygning officielt indviet, og 100 elever fra både ind- og udland deltog i fejringen. Højskolen består i dag af næsten 5000 m² fordelt på 5 etager, og hvis skolens tre længer foldes ud, svarer det angiveligt til dimensionerne af Noas Ark. Mere end 5000 elever har studeret på Højskolen siden starten.
